يتولى قسم الشؤون المالية:
1. إعداد مشاريع الاستراتيجيات والخطط والبرامج والمشاريع التنفيذية والنشاطات والدراسات لإدخال المفاهيم المعاصرة لإدارة الموارد المالية في المديرية العامة للبيئة ومتابعة حسن تنفيذها
2. إعداد مشروع الموازنة بالتنسيق مع الوحدات التابعة للمديرية العامة للبيئة وتنفيذها ومسك قيود حساب الموازنة وحركة الاعتمادات ومسك قيود محاسبة المواد ومشروع قطع الحساب والمعاملات المالية كافة.
3. إعداد وتدقيق جداول الرواتب والأجور وملحقاتها.
4. تصفية النفقات على اختلاف أنواعها وتنظيم أوامر الصرف.
5. متابعة حسابات الوزارة في مصرف لبنان بالعملات اللبنانية والأجنبية، واستعمال هذه الحسابات وفقا لمراسيم قبول الهبات المقدمة للوزارة حسب الأصول.